VVEK yra palyginti nedidelė, tačiau efektyviai dirbanti aukštoji mokykla. Todėl institucijos struktūra sudaryta siekiant paprastumo, maksimalaus progresyvumo, grįžtamojo ryšio tarp padalinių užtikrinimo tiek horizontaliame, tiek vertikaliame lygmenyje ir bereikalingo funkcijų dubliavimo išvengimo. Kolegijos padalinių valdymas ir tarpusavio ryšiai atsispindi pateiktoje schemoje.